עימות במהלך החקירה הנגדית במשפט נתניהו בתיק 1000: סנגורו של ראש הממשלה עו"ד עמית חדד אמר ללפיד בעדותו לגבי סוגיית 'חוק מילצ'ן' זו לא הפעם הראשונה שבה הוא מספר סיפורים שאינם קשורים למציאות.
הוא אף עימת את לפיד עם קטע מספרו בו סיפר על כניסה ללבנון ופגיעה מרימון עשן. לפיד השיב: "לא אשתף פעולה עם כל הרכילות המרושעת של בעלי עניין שיש להם מכונת רעל. יש תמיד בעיה ששקרנים תמיד חושבים שכולם שקרנים ומושחתים חושבים שכולם מושחתים".
הוא טען גם כי נתניהו העלה את עניין הארכת הפטור ממס לתושבים חוזרים בשתי פגישות - בבלפור ובשיחת מסדרון בכניסה לחדר הקבינט.
עו"ד חדד הראה ליו"ר האופוזיציה שבעבר מסר כמה גרסאות שונות לגבי הסוגיה. בחקירתו הראשונה לפיד אמר במשטרה שהיו שתי פגישות בבלפור, וכעת הוא מדבר על פגישה בבלפור ופגישה בקבינט.
לפיד ציין כי "כל הנושא היה שולי בזמן אמיתי. כשמשהו שולי בזמן אמת קשה לזכור את כל הפרטים. זכרתי את הנושא המרכזי - שנתניהו דיבר איתי על משהו כל כך שולי".
אחת השופטים שאל את יו"ר האופוזיציה: "האם נתניהו פנה אליך כדי שיוכל להגיד למילצ'ן שדיבר איתך?". לפיד: "בדיוק זאת הייתה התחושה. שיוכל לחזור אליו ולהגיד - דיברתי איתו. מילצ'ן לא דיבר על עניינו האישי, אלא למה החוק טוב למדינה. הפנייה שלו לא הייתה שונה מאחרות".