המדינה הגישה את תגובתה לעתירה לבג"ץ הדרשה לפנות את הישיבה בישוב החרב חומש.
בתשובת המדינה נאמר כי מאז שבג"ץ הוציא צו על תנאי החליטה המדינה להסדיר את הבנייה, העבירה את הבעלות על אדמות המדינה שבסביבה לידי המועצה אזורית שמרון וכי מתקיימים הליכים לאישור בנייה.
"בעקבות תיקוני החקיקה ותחיקת הביטחון הרלוונטיים לענייננו, איסור השהייה של ישראלים במרחב מכוח חוק ההתנתקות אינו בתוקף עוד. משמעות הדבר היא כי אין מניעה חוקית לעצם שהייתם של ישראלים באדמות המדינה במרחב".
"כוונת הדרג המדיני להסדיר את השהות הקבועה של הישיבה במקום, באדמות המדינה. לשם כך, שטח אדמות המדינה צורף לתחום המועצה האזורית שומרון, וניתנה למועצה האזורית שומרון הרשאה לתכנון של שטח זה, ואף הוגשה ללשכת התכנון פרוגרמה לתכנית, לגביה מתנהל שיח מקצועי בימים אלה".
בנגע לאדמות הפלשתיניות הפרטיות נכתב כי "הבנייה אשר שימשה את הישיבה שהייתה מצויה על אדמות פרטיות במרחב חומש הוסרה, הגם שאגב כך, בניה חדשה המשמשת לצרכי ישיבה זאת הוקמה במרחב הסמוך, על גבי אדמות מדינה מוסדרות".
עוד נכתב כי "אין כיום מניעה בפני בעלי הקרקעות הפרטיות במקום לגשת אל אדמותיהם", ולכן "עמדת המדינה היא כי אין מקום להתערבות בית המשפט הנכבד בפעולות המדינה".
מארגון השמאל יש דין נמסר בתגובה: "בניגוד להתחייבות מפורשת שניתנה לבג"ץ, הממשלה מבקשת להקים התנחלות קבע ומודה לראשונה באופן רשמי שהיא חוזרת להקים התנחלויות שפונו בהתנתקות. תגובת המדינה היא מופת של יישום מדיניות הסיפוח והאפרטהייד: תוך שיתוף פעולה של הדרג המדיני עם מעשה עבריינות, המדינה יוצאת מגדרה כדי לתת פרס לעבריינים ולבסס התנחלות קבע על אדמות הכפר בורקה, תוך התעלמות מוחלטת מזכות הקניין ומביטחונם של בעלי האדמות הפלסטינים. גם אם המבנים הוזזו כמה מטרים לאדמות מדינה, אין בכך לשנות את האיום המרחף על כל פלשתיני שיבקש לממש את זכויותיו ולעבד את אדמתו שם".
יוסי דגן ראש מועצה אזורית שומרון מסר "זה תחילתו של תיקון ערכי מוסרי ובעיקר צודק, סוף הצדק לנצח גם אם יתמהמה. בא יבוא. ההתיישבות בצפון השומרון היא חגורת הבטחון של כל מדינת ישראל, בניית הישובים חומש שא-נור גנים וכדים וישובים נוספים במרחב היא המעשה הציוני הנכון בעת הזו".
בני גל ממגורשי חומש מסר "שמחים לראות שמדינת ישראל מכירה מחדש בחשיבות ההתישבותית והביטחונית של חומש. השולט בחומש הוא השולט בכל מישור החוף, סמוכים ובטוחים שמדינת ישראל תמשיך בהליכי ההסדרה."
שמואל וונדי מנכ"ל ישיבת חומש מסר "ב"ה התקדמנו שלב נוסף ועוד צעד בתיקון העוול. שמחים שמדינת ישראל עושה את המובן מאליו, מצפים מהממשלה להסדיר בפועל את החזרה לכל ישובי צפון השומרון וגוש קטיף בקרוב".