בחמאס הציבו דרישה נוספת רגע לפני החתימה על הסכם שחרור החטופים ולפיו ישראל צריכה לסגת מבית החולים שיפא המשמש כמפקדת טרור של הארגון.
בתגובה, כך דווח הערב (חמישי) בחדשות 12, ישראל סירבה בתוקף לדרישה, שלבסוף לא הוכנסה להסכם שנחתם.
גם דובר צה"ל התייחס למצב בבית החולים שיפא במהלך ההצהרה שנשא ואמר: "מיפינו את הכל בבית החולים שיפא, נשמיד את המנהרות. כל תשתיות הטרור יושמדו. אחרי שהשמדנו - אין לנו צורך לשהות שם".
הבוקר מנהל בית החולים 'שיפא' נעצר והועבר לתחקור בשב"כ לאחר שנחשפו עדויות רבות לכך שבית החולים תחת ניהלו הישיר, שימש כמפקדה של חמאס.
בצה"ל מסבירים כי ארגון הטרור חמאס ניצל משאבים רבים, ביניהם חשמל על מנת לתחזק את מערכת המנהור שבנה תחת בית החולים, בנוסף, החמאס אחסן אמצעי לחימה רבים בבית החולים ובסביבתו.
מעבר לכך, לאחר הטבח שביצע ארגון הטרור חמאס בשמחת תורה הארגון השתמש בבית החולים כמקלט עבור מחבליו ואף לקח לשם חטופים ישראלים שנחטפו ביום הטבח. דו"ח פתלוגי אישר כי רצח רב"ט נועה מרציאנו אירע בשטח בית החולים.
"בבית החולים תחת ניהלו התקיימה פעילות טרור ענפה של ארגון הטרור חמאס. החלטה בנוגע להמשך החזקתו תתקבל בהתאם לממצאי החקירה ולמעורבות מנהל בית החולים בפעילות טרור", נמסר.