עימות חריף בין השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר לבין מפכ"ל המשטרה קובי שבתאי לאחר שהאחרון פנה ליועמ"שית ודיווח לה על שיחת השר עם מפקד מג"ב.
"לצערנו לעיתים קרובות צריך להזכיר לשר ולמקורביו שניהול המשטרה איננו רק ציוצים, כותרות וסרטונים. למען הסר ספק, המפכ"ל עודכן כל העת ממפקד המחוז על המבצע בכל שלביו - ומדובר, שוב, ברכילות זולה ותו לא", אמרו בסביבתו של המפכ"ל לתקשורת.
מנגד מסרו אנשיו של בן גביר "אין מפכ"ל מתפקד במדינת ישראל. השיא היה שהוא לא הגיע לאירוע במירון ולדיון האחרון לקראתו. מאז דוח הוועדה הוא מסתובב כבוי. בנסיבות כאלה החובה של השר לדבר עם האנשים הרלוונטיים. השר הגיע לחפ"ק במירון, אם המפכ"ל לא שם עם מי הוא אמור לדבר?".
ראש הממשלה בנימין נתניהו התייחס הבוקר לאלימות השוטרים במירון, "צפיתי אמש בתמונות הקשות מהר מירון שזעזעו את כולנו", כתב, "אני מצפה מהמשטרה לחקור את המקרה כדי למנוע פגיעה מיותרת באזרחים וקורא לכל אזרחי ישראל לשמור על החוק ולפעול לפי הנחיות גורמי הביטחון".
במשטרה ציינו כי המהומות בהר התרחשו עקב העובדה שאלפים הגיעו לציון ל"ג בעומר בקבר הרשב"י, בניגוד לצו המפורש שאוסר על עלייה למקום.
"19 שוטרים פונו לקבלת טיפול רפואי לאחר שהושלכו לכיוונם מוטות ברזל, זכוכיות וחפצים שונים", נמסר מהמשטרה. "כמו כן, פגעו המפגינים באמצעים וברכוש שהוקם במקום לשם שמירה על ביטחונם. עד כה הורחקו מהמקום יותר מ-1,000 אנשים לא מורשים ועוד אלפים נחסמו בכבישים המובילים לאתר".
בתיעודים הקשים מההר נראה שוטר דוחף בעוצמה קשיש ומטיח אותו לקרקע. התיעוד הביא לסערה במערכת הפוליטית ולגינויים מקיר לקיר. יו"ר ש"ס אריה דרעי כתב: "התיעוד הזה בלתי נסבל. פשע שלא ייסלח. משטרת ישראל חייבת להודיע עוד היום שהיא מדיחה לאלתר את שוטר המג"ב מתפקידו ולהעמידו לדין".