במהלך הדיון בבג"ץ שעסק בעתירות נגד הדחתו של ראש השב"כ רונן בר, התעורר עימות סביב סוגיית "הסרבנות" בצה"ל ערב מלחמת "חרבות ברזל", בימי המחאה נגד הרפורמה המשפטית.
נציג הממשלה, עו"ד ציון אמיר, העלה ביקורת על כך שראש השב"כ לא התבטא בנוגע לתופעת הסרבנות ההמונית. "אתה אמור, על פי החוק, להתמודד עם תופעה המונית של סרבנות שהתרחשה לפני המלחמה – תופעה שיש הטוענים שהביאה לפריצתה. לא שמענו את ראש השב"כ, שזהו חלק מתפקידו, מתנער מדברים חמורים שנאמרו על ידי ראשי שב"כ לשעבר", אמר אמיר. "יורם כהן, ראש השב"כ לשעבר, אמר שבר מרסן את כוחו ולא מפעיל את סמכותו מול ראש הממשלה – ובר לא הגיב אפילו במילה".
השופט יצחק עמית הביע פליאה נוכח הדברים: "עכשיו אנחנו מבינים שראש השב"כ נדרש לפעול נגד טייסים? לפי מה שאמרת, אני קצת בסוג של הלם. אתה בעצם אומר לנו שראש השב"כ נדרש לפעול נגד טייסים כי הם סרבנים".
עו"ד אמיר השיב: "לא אמרתי טייסים. אמרתי סרבנות. רק מי שעיוור או אוטם את מוחו וליבו לא יכול היה לראות את מה שהתחולל ערב המלחמה – התגייסות המונית של קצינים בכירים, של רמטכ"לים וראשי ממשלה לשעבר, של טייסים ולוחמים שהחליטו להצטרף למחאה. מדובר בתופעה חמורה, ולטפל בה זו חלק מהמשימה של ראש השב"כ לשמור על סדרי ממשל תקין במדינה".