במערכת הביטחון נערכים להגעת משט לחופי ישראל, ולוחמי שייטת 13 מתאמנים בימים האחרונים על מגוון תרחישים אפשריים.
חיל הים תרגל לאחרונה את ההתמודדות עם הספינה המתקרבת, כאשר לפני כניסתה למים הטריטוריאליים של ישראל, כוחות חיל הים יכריזו ליושבי הספינה ויזהירו אותם שהם נכנסים לתחומי המדינה ללא אישור.
ללוחמי חיל הים הועברו הנחיות פעילות ברורות. הלוחמים יקראו למארגני המשוט להסתובב ולחזור בחזרה - אם יעשו את זה, ישחררו אותם לדרכם. במידה ולא יעשו זאת - לוחמי שייטת 13 ישתלטו על הספינה, וישיטו אותה לנמל אשדוד.
מוקדם יותר הינחה שר הביטחון ישראל כ"ץ את צה"ל לפעול בנחישות נגד משט "מדלין", אשר עושה דרכו לעבר חופי רצועת עזה בניסיון לשבור את הסגר הימי שמפעילה ישראל.
המשט מובל על ידי פעילי שמאל קיצוניים, ובהם גם פעילת האקלים גרטה טונברג, כוכב הסדרה "משחקי הכס" ליאם קנינגהם, וחברת הפרלמנט האירופי מצרפת רימה חסן.
שר הביטחון הנחה את צה"ל למנוע את הגעת הספינה לעזה, ולנקוט לשם כך בכל אמצעי מבצעי שיידרש. המטרה היא למנוע הפרה של הסגר שנועד, לפי ישראל, לסכל העברת אמצעי לחימה לידי חמאס.
לדברי כ"ץ, "מדינת ישראל לא תאפשר לאיש להפר את הסגר הימי על עזה - שמטרתו בראש ובראשונה למנוע העברת אמצעי לחימה לחמאס, ארגון טרור רצחני המחזיק את חטופינו ומבצע פשעי מלחמה".
עוד הוסיף, "הנחיתי את צה"ל לפעול כדי שמשט 'מדלין' לא יגיע לעזה. לגרטה האנטישמית ולחבריה דוברי תעמולת חמאס - אני אומר בצורה ברורה, כדאי שתעשו אחורה פנה - כי לעזה לא תגיעו. ישראל תפעל נגד כל ניסיון לשבור את הסגר או לסייע לארגוני טרור - בים, באוויר וביבשה".