הרמטכ"ל, אייל זמיר, הגיב הערב (ראשון) לדיווח בערוץ 14 לפיו החלטה של הפצ"רית יפעת תומר-ירושלמי להגבלת תקיפות אוויריות מחשש ליצירת "נזק אגבי גבוה" גרמה לאסון שהוביל לנפילתם של ארבעת לוחמי צה"ל בחאן יונס.
בהודעה שפרסם דובר צה"ל נאמר: "הרמטכ"ל מגנה את המתקפות השקריות, החוזרות ונשנות וחסרות השחר ביחס לפעילותה של הפצ"רית והפרקליטות הצבאית.
לא הייתה כל הנחיה של הפרקליטות הצבאית שלא לתקוף את המבנה שקרס והביא למותם של ארבעה לוחמי צה"ל בחאן יונס ביום שישי. הטענות שהועלו בהקשר זה שקריות, מרושעות ומשוללות כל יסוד".
בהודעה מטעם זמיר צוין כי "ביטחונם של לוחמי צה"ל הוא שיקול מרכזי בכל פעילות הנעשית ברצועה ולכוחות בשטח יש חופש פעולה מבצעי להסרת איומים. הרמטכ"ל מגנה בתוקף את הכפשת שמם של קציני צה"ל אשר עושים לילות כימים למען בטחון המדינה והגנה על אזרחיה".
בערוץ 14 הגיבו: "פרסום של הפרשן הצבאי נעם אמיר טען כי בגלל הנחיות משפטיות של הפרקליטה הצבאית, צה"ל נמנע במהלך המלחמה מלתקוף את המבנה המדובר. בכתבה הודגש כי מדובר על מקרים במהלך המלחמה, ולא על הנחיה ספיצפית מיום שישי האחרון. צר לנו שדובר צה"ל בוחר לפעול באופן לא ענייני. מוטב היה לו היה צופה בכתבה, בטרם הוא גורר את הרמטכל להוציא הודעות לתקשורת. ערוץ 14 ימשיך לחקור ולחשוף את האמת, שיש בה כדי להגן על חייהם של לוחמינו".