אוגדה 36 פתחה בתחקיר בעקבות תיעוד שפורסם מרצועת עזה, ובו נראים כלים הנדסיים של צה"ל כשעליהם נתלו דגלים עם סמל בית המקדש.
מהתחקיר, שפורסם בגלי צה"ל, עלה כי איש מילואים השייך לאוגדה הוא שחילק את הדגלים, ואלה נתלו על הכלים בשטח.
בצה"ל ציינו כי מפקדיו של אותו חייל "ערים לנושא" וכי תיערך עמו שיחת הבהרה, במהלכה יתבקש להפסיק לאלתר את חלוקת הדגלים.
עוד נמסר כי במידה והאירוע יימשך - הוא יטופל "בהתאם לפקודות הצבא".
מדובר צה"ל נמסר בתגובה: "מדובר באירוע שאינו עולה בקנה אחד עם ערכי צה"ל. האירוע יתוחקר ויטופל בהתאם".