היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה הגישה באיחור רב תגובה לבג"ץ הנוגעת לשתי העתירות שיידונו מחר (שלישי) בפני בית המשפט.
בהרב-מיארה, שהחליטה על דעת עצמה לעכב את הגשת התגובה, התייחסה בהרחבה להחלטת השר לוין למנות את השופט אשר קולה כאחראי על חקירת הפרשה, אך נמנעה מלהתייחס לניגוד העניינים בו מצויה פרקליטות המדינה כפי שנטען בעתירה נגדה.
היא ביקשה מבג"ץ לבטל את מינויו של נציב התלונות על השופטים אשר קולה בידי שר המשפטים יריב לוין. "החלטותיו של שר המשפטים מבקשות באופן חסר תקדים להתערב בחקירות דנן באמצעות מינוי תובע חיצוני. כלומר, הלכה למעשה, שר המשפטים מבקש להכתיב את זהותו של התובע שילווה את חקירה פרטנית זו, בעודה מנוהלת. כזאת, טרם נעשה במשפט ארצנו".
מוקדם יותר הגיש שר המשפטים לוין את תגובתו לעתירות שהוגשו לבג"ץ נגד החלטתו למנות את השופט בדימוס אשר קולה כגורם המפקח על החקירה במקום היועמ"שית גלי בהרב-מיארה.
בדבריו לבג"ץ, לוין מציג עמדה תקיפה נגד מעורבות גורמים מהפרקליטות, ובראשם פרקליט המדינה עמית איסמן, בחקירה. "עניינה של עתירה זו בפרשה שאין ערוך לחומרתה. חומרתה נובעת ממעמדם של המעורבים בצמרת הצבא ומערכת אכיפת החוק, מהמעשים הקשים שבוצעו ומהשלכותיהם על ביטחון המדינה, שלום חייליה ואמון הציבור".
לוין טען כי הותרת החקירה בידי גורמים המעורבים בעצמם במערכת שבה התרחשו החשדות, "הנה חזרה מובטחת על האירועים שהולידו את החקירה הנוכחית". לדבריו, המשמעות היא "שיבוש חקירה והעדר אפשרות להגיע לחקר האמת".
השר הוסיף כי המהלך גם "פוגע אנושות באמון הציבור במערכות המדינה ובראשן מערכת אכיפת החוק", ופגיעה זו עלולה להיות בלתי הפיכה.
בהתייחסו למינויו של השופט אשר קולה, הדגיש לוין כי פעל “באופן המתחייב מתפקידו הציבורי ומהשליחות שנטל על עצמו”, וכי החלטתו אינה ניתנת לסיכול לפי דין. "סיכול החלטת השר לא רק שאינה אפשרית מבחינה חוקית, אלא יש בה כדי לפגוע אנושות באמון הציבור במערכות המדינה. נראה כי בהיעדר נימוק משפטי של ממש, הניסיון לטרפד את החלטת השר אינו אלא ניסיון למנוע הגעה לחקר האמת בפרשה. אל לו לבית המשפט לתת יד לניסיון פסול זה".
שר המשפטים חתם את דבריו בקריאה חד-משמעית לשופטי בג"ץ לתמוך בהחלטתו: "לא ניתן להפריז בחשיבות ההכרעה של בית המשפט. לאחר כל שאירע כבר בפרשה זו, הרי שהפקדת ליווי החקירה בידי כב' השופט בדימוס קולה היא קרש הצלה - לא רק לחשיפת האמת, אלא גם להשבת אמון הציבור במערכת אכיפת החוק. אין בנמצא ולו נימוק אחד שיש בו כדי להצדיק את הדרתו של השופט קולה מליווי החקירה, או את החלפתו בגורם אחר - ובוודאי לא בגורם שיש לו, לממוניו ולכפופים לו, נגיעה ישירה לעניינים נשוא החקירה".