ראש המוסד היוצא, דדי ברנע, סבור כי הקשרים בין מקורבי נתניהו לנסיכות הקטארית לא הסבו נזק ביטחוני למדינת ישראל.
הדברים נאמרו, לפי הדיווח ב"הארץ", בפגישות שקיים עם אישים שונים לקראת פרישתו מהתפקיד.
ברנע הבהיר כי אינו מתייחס לחשדות לשחיתות בפרשה, מאחר שאינו מתמצא בפרטי החקירה. לדבריו, ייתכן שהחקירה תעלה ממצאים בהקשר זה, אך הוא עצמו אינו עוסק בכך.
עם זאת, ציין כי כראש המוסד לא זיהה פגיעה במשא ומתן לעסקת החטופים או נזק ביטחוני אחר כתוצאה מעבודת אנשי לשכת ראש הממשלה עבור קטאר.
דבריו עומדים בניגוד לעמדת ראש שב"כ לשעבר, רונן בר, אשר בתצהיר שהגיש לבג"ץ כתב כי הפרשה מעלה "חשדות כבדים ביותר ביחס לפגיעה חמורה בביטחון המדינה, בדגש על פגיעה במשא ומתן לשחרור חטופים, חיזוק חמאס ופגיעה ביחסי ישראל-מצרים".
במרכז הפרשה עומדים מקורבי ראש הממשלה בנימין נתניהו - יונתן אוריך, ישראל איינהורן ואלי פלדשטיין.
החשד המרכזי הוא שהשלושה עבדו בשירות קטאר במקביל לעבודתם בלשכת רה"מ, במטרה להלבין את תדמיתה של הנסיכות כמממנת טרור ולהציגה כמתווכת הבלעדית והמועדפת לעסקת חטופים - תוך הכפשת המתווכת המצרית בתקשורת.