מנגנון התחקור המטכ"לי, הגוף האמון על בדיקת אירועים מבצעיים חריגים בצה"ל, פרסם את החלטותיו המשפטיות והפיקודיות בנוגע לחמישה אירועים מרכזיים שהתרחשו במהלך הלחימה ברצועת עזה.
המנגנון, שסגר עד כה תחקירים של כ-150 אירועים מאז פרוץ המלחמה והעבירם לבחינת הפרקליטות הצבאית, פועל ככלי עזר פיקודי וכבסיס להחלטות משפטיות.
אחת התקריות המרכזיות שנבדקו היא הירי לעבר שיירת ארגון הסיוע הבינלאומי WCK ("המטבח המרכזי העולמי") ב-1 באפריל 2024, שבו נהרגו שבעה מעובדי הארגון. מהתחקיר עולה כי הכוחות זיהו חמוש על משאית הסיוע והעריכו כי מדובר בהשתלטות של ארגון הטרור חמאס.
התברר כי עובדי הארגון שכרו כוח אבטחה חמוש שלא תואם מראש עם צה"ל. לאחר פריקת ציוד במחסן, נכנסו אנשים שזוהו בשגגה כחמושים לרכבים שסטו מהמסלול המתואם. ניסיונות ליצור קשר עם הארגון במהלך מעקב של כחצי שעה לא צלחו, והרכבים הותקפו.
בעקבות הממצאים הראשוניים, הרמטכ"ל דאז הרצי הלוי החליט להדיח קצין אש חטיבתי בדרגת רב-סרן וקצין במילואים בדרגת אלוף-משנה, לצד נזיפות פיקודיות לאלוף פיקוד הדרום ירון פינקלמן, מפקד אוגדה 162 תת-אלוף איציק כהן ומפקד חטיבת הנח"ל אלוף-משנה יאיר צוקרמן. התובע הצבאי הראשי קבע כי מדובר בטעות בזיהוי ברצף נסיבות מבצעיות מורכב וכי ההחלטות לא חצו את הרף הפלילי, ולפיכך לא תיפתח חקירת מצ"ח.
תקרית נוספת שנבחנה היא הירי לעבר רכבה של משפחת חמאדה והאמבולנס שנשלח לחלצה בעיר עזה בינואר 2024, אירוע שבו נהרגו תשעה בני אדם, בהם הילדה הינד רג'אב ושני פרמדיקים של הסהר האדום. מהתחקיר עולה כי הרכב נע בניגוד לכיוון הפינוי שפורסם, ובעקבות הירי נהרגו חמישה מנוסעיו. בהמשך, לאחר קריאות לעזרה שהוקלטו ופורסמו בעולם, תואם הגעת אמבולנס - אך נורה לעברו פגז. מצה"ל נמסר כי נוכח כשלים לכאורה בסוגיית תיאום תנועת האמבולנס, הוחלט להורות על המשך בדיקת האירוע באמצעות חקירת מצ"ח.
אירוע שלישי שיועבר לחקירת מצ"ח התרחש בתל א-סולטן במרץ אשתקד, ובו נהרגו 15 פלסטינים, בהם אנשי רפואה ועובד או"ם. במהלך מארב לפעילי חמאס, ביצעו הכוחות ירי בשלושה הזדמנויות שונות לעבר כבאית, אמבולנסים ורכב או"ם, לאחר שהעריכו כי מדובר ברכבי אויב שנעו במהירות לעברם. בתחקיר צוין כי בין ההרוגים זוהו שישה שיוסכו לחמאס, וכי לאחר התקרית החליט הכוח למחוץ את הרכבים ולכסות את הגופות ברשת ברזל. בעקבות ממצאי התחקיר, נרשמה הערה פיקודית למפקד חטיבה 14 וסגן מפקד סיירת גולני סיים את תפקידו, ובשל חשד סביר לביצוע עבירה הוחלט על פתיחת חקירה פלילית.
בנוסף, נבדקה תקיפת מבנה בחאן יונס בפברואר 2024, שבו נהרגו שתי נשים ונפצעו שבעה בני אדם. בדיעבד התברר כי המבנה שייך לארגון "רופאים ללא גבולות". מהבדיקה עלה כי פגז בודד נורה לעבר חלון שחלש על ציר תנועה של כוחות באזור לחימה, מתוך הערכה כי מדובר באיום מבצעי. בצה"ל ציינו כי האורות במבנה היו כבויים, ולא היה בידי הכוחות מידע עדכני על שיוך המבנה לארגון או אפשרות לראות את השילוט שמוקם בחזית הנגדית. הוחלט כי הירי בוצע לתכלית צבאית ואין מקום לחקירת מצ"ח, אך הפרקליטות הצבאית הורתה לבחון צעדים פיקודיים בשל כשלים בתהליך התקיפה.
האירוע החמישי עסק בירי שנורה בנובמבר 2023 לעבר מסלול נסיעתה של שיירת "רופאים ללא גבולות" שהייתה בדרכה חזרה לעיר עזה, לאחר שעיכוב בנקודת בידוק הוביל אותה לשוב על עקבותיה ללא תיאום מאושר ותוך תנועה בניגוד לכיוון הפינוי. מהתחקיר עולה כי החיילים ביצעו ירי הרחקה לעבר הכביש בלבד כדי למנוע את התקרבות הרכבים, ולא בוצע ירי ישיר. צה"ל ציין כי קיימת אפשרות שמותם של שניים מנוסעי השיירה נגרם מנתזי הירי, אך נקבע כי האירוע אינו מעלה חשד סביר לביצוע עבירה פלילית.