מסמך פנימי של המל"ל שהגיע לידי גלי צה"ל חושף שורה של כשלים בטיפול באבטחת הטיסות הזרות לישראל: משרד התחבורה לא מימש את האחריות שהוטלה עליו, למרות התרעות בנושא, וזאת לאחר שגורמי המקצוע באגף הביטחון במשרד התנגדו נחרצות לקבלת האחריות וטענו כי אין בידיהם היכולות הנדרשות לכך.
על פי החשיפה הבוקר (ראשון), כבר ביולי 2021 קבע הקבינט המדיני-ביטחוני כי שב"כ לא יהיה אחראי עוד על אבטחת הטיסות הזרות לישראל, וכי האחריות תועבר למשרד התחבורה.
עד אותה החלטה היה שב"כ אחראי גם לאבחון הביטחוני של אנשי צוות המגיעים לישראל בטיסות זרות. בהחלטת הקבינט נקבע כי "רשות התעופה האזרחית במשרד התחבורה תבדוק כי הנחיות האבטחה במדינות הזרות עומדות בהוראות האמנות הבינלאומיות". אלא שבמסמך המל"ל נכתב כי "משרד התחבורה לא פועל במסגרת ההחלטה".
לפי הדיווח, מדובר גם באחד המחדלים שעליהם הצביע מבקר המדינה בדו"ח סודי ממאי 2024, שעליו הוטל חיסיון.
בעקבות דו"ח המבקר קבע הקבינט המדיני-ביטחוני ב-23 במאי 2024 כי המל"ל יקים צוות בהשתתפות משרד התחבורה, רשות התעופה האזרחית, שב"כ, המוסד ומשרד האוצר, במטרה לבחון את מערך אבטחת התעופה האזרחית לישראל ולגבש המלצות לשינויים.
במסגרת עבודת המטה, שנמשכה כשנה, המל"ל ושב"כ דחפו לכך שמשרד התחבורה יקבל על עצמו את האחריות הביטחונית על הטיסות הזרות. בשב"כ טענו כי אין לארגון די משאבים ותקציבים לטיפול בנושא.
אלא שעל פי החשיפה, גורמי המקצוע בתוך משרד התחבורה התנגדו נחרצות. מנהל אגף הביטחון במשרד, אברי כהן, טען בדיונים הפנימיים כי מדובר באחריות כבדה מדי וכי לנוכח רמות האיום הגבוהות בישראל נדרש גוף ביטחוני שיתכלל את הנושא.
גורם המעורה בפרטי הדיונים אמר לגלי צה"ל: "כל הצוות המקצועי במשרד התחבורה התנגד נחרצות להעברת הסמכויות - למעט מנהל רת"א שמואל זכאי. כולם עמדו על הרגליים האחוריות, ואמרו לשרה מירי רגב שזו תהיה טעות קשה לקחת אחריות כל כך גדולה".
הגורם הוסיף כי "היו פיצוצים קשים, עימותים ומכתבים חריפים - אבל השרה רגב, המנכ"ל בן זקן ומנהל רת"א זכאי לא הקשיבו. השרה הלכה עם עמדת זכאי, ובדיון שהיה להם אצל ראש הממשלה הם יצאו מהדיון כשהאחריות עברה למשרד התחבורה".
באמצע שנת 2025 הכריע ראש הממשלה בנימין נתניהו בסוגיה וקבע כי האחריות תועבר באופן חד-משמעי למשרד התחבורה ולשרה רגב ואנשי הביטחון במשרד, למרות התנגדותם של גורמי המקצוע.
אלא שלפי המידע שהגיע לגלי צה"ל, גם לאחר קבלת האחריות לא פנה אגף הביטחון במשרד התחבורה ולו פעם אחת לשב"כ או למוסד בבקשה לסיוע באבחון ביטחוני או בתחקיר על איש צוות או נוסע בטיסה. גם שב"כ והמוסד, מצדם, לא לקחו אחריות מרחיבה בנושא.
גורם המעורה בפרטים מתח ביקורת גם על גופי הביטחון: "שב"כ ומוסד ידעו היטב שמשרד התחבורה מפורק, שאין בו אנשים, שאין תקנים ואין יכולות. איך הם הסירו ככה אחריות וזרקו הכל למשרד התחבורה? האחריות היא על משרד התחבורה - אבל גם שב"כ ומוסד אפשרו את המחדל הזה והכתובת הייתה על הקיר".
לפי החשיפה, כבר במרץ 2025 התריע המל"ל שמשרד התחבורה אינו מממש את אחריותו ואף כתב מפורשות כי המשרד פועל בניגוד להחלטת הקבינט.
לפי הדיווח, בפועל לא בוצע הפיקוח שנועד לוודא שחברות התעופה הזרות עומדות בהסכמים הבינלאומיים ואינן שולחות לישראל אנשי צוות ממדינות שאין לישראל יחסים דיפלומטיים.